Raphael Kfuri-Rubens
KontaktMenü

Lebenslauf

Zwei Wege, eine Trajektorie.

Forschung und Medizin laufen seit 2017 parallel, derzeit am TUM Klinikum, bei Helmholtz Munich und an der Technischen Universität München.

  1. – heuteMünchen, Deutschland

    KlinikAktuell

    Arzt in Weiterbildung für Hämatologie und Onkologie

    TUM Klinikum, Technische Universität MünchenKlinik und Poliklinik für Innere Medizin III (Hämatologie und Onkologie)

    Hämatologische Neoplasien und solide Tumoren – Normalstation und Chemotherapieambulanz

    Arzt in Weiterbildung an der Klinik und Poliklinik für Innere Medizin III (Hämatologie und Onkologie) des TUM Klinikums; Einsätze auf der Normalstation und in der Chemotherapieambulanz, Betreuung von Patientinnen und Patienten mit hämatologischen Neoplasien und soliden Tumoren.

    Personen

    Klinikdirektor
    Prof. Florian Bassermann

    Schwerpunkte

    • Rotationen auf der hämatologisch-onkologischen Normalstation und in der Chemotherapieambulanz
    • Diagnostik, Staging und Behandlung eines breiten Spektrums hämatologischer Neoplasien und solider Tumoren
    • Überwachung und Applikation systemischer Tumortherapien, darunter Chemotherapie, Immuntherapie und zielgerichtete Therapien
    • Mitwirkung an Diagnostik, Therapieplanung und Verlaufskontrolle der Patientinnen und Patienten
  2. – heuteMünchen, Deutschland

    ForschungAktuell

    PhD-Student

    Helmholtz Munich, Technische Universität MünchenInstitute of Computational Biology

    Einzelzell- und räumliche Omics · Graph Neural Networks und Transformer-basierte Modelle

    Promotion am Institute of Computational Biology (Helmholtz Munich / Technische Universität München): Analyse von Einzelzell- und räumlichen Omics-Daten sowie Implementierung und Benchmarking von Deep-Learning-Architekturen wie Graph Neural Networks und Transformer-basierten Modellen.

    Personen

    Arbeitsgruppenleitung
    Prof. Fabian Theis
    Co-Betreuung
    Prof. Florian Bassermann
    Co-Betreuung
    Prof. Daniel Rückert

    Schwerpunkte

    • Sicherer Umgang mit Python-basierten Paketen zur Analyse von Einzelzell- und räumlichen Omics-Daten wie scanpy, squidpy und scvi-tools
    • Erfahrung in der Implementierung verschiedener Deep-Learning-Architekturen, darunter Graph Neural Networks und Transformer-basierte Modelle, und in ihrem Benchmarking gegenüber anderen Machine-Learning-Modellen
    • Einsatz von Machine-Learning-Frameworks wie PyTorch, PyTorch Lightning, PyTorch Geometric, Weights and Biases sowie von Konfigurationsmanagern

    Methoden & Werkzeuge

    • scanpy
    • squidpy
    • scvi-tools
    • PyTorch
    • PyTorch Lightning
    • PyTorch Geometric
    • Graph Neural Networks
    • Transformer-basierte Modelle
    • Weights and Biases
  3. – Boston, USA

    Forschung

    Masterarbeit in Computational Oncology

    Dana-Farber Cancer Institute und Broad Institute, Harvard Medical School

    Weiterentwicklung einer Pipeline zur Vorhersage von Minor-Histokompatibilitätsantigenen (mHAg)

    Masterarbeit am Dana-Farber Cancer Institute und am Broad Institute: Weiterentwicklung einer Software-Pipeline zur Vorhersage von Minor-Histokompatibilitätsantigenen (mHAg), einschließlich der Analyse von Ganzexom- und Transkriptomdaten aus Kohorten von Patientinnen und Patienten nach allogener Stammzelltransplantation.

    Personen

    Arbeitsgruppenleitung
    Catherine Wu, MD
    Arbeitsgruppenleitung
    Gad Getz, PhD
    Betreuung (Postdoc)
    Nicoletta Cieri, MD PhD

    Schwerpunkte

    • Kombination von Deep-Learning-Modellen mit verschiedenen Werkzeugen der Computational Biology in der Workflow Description Language (WDL)
    • Mitochondriales und nukleäres Variant Calling für Chimärismus- und Mosaizismusanalysen
    • Analysen und Pipeline-Entwicklung mit Ganzexom- und Transkriptomdaten von Kohorten nach allogener Stammzelltransplantation am Dana-Farber Cancer Institute

    Methoden & Werkzeuge

    • Workflow Description Language (WDL)
    • Deep-Learning-Modelle
    • Mitochondriales/nukleäres Variant Calling
    • Analyse von Ganzexomdaten
    • Analyse von Transkriptomdaten

  4. Stipendium

    Stipendium der Studienstiftung für einen Forschungsaufenthalt im Rahmen der Masterarbeit

    Studienstiftung des deutschen Volkes – Dana-Farber Cancer Institute und Broad Institute, USA

  5. – Cambridge, Vereinigtes Königreich

    Ausbildung

    MPhil in Computational Biology

    University of Cambridge

    Wissenschaftliche Programmierung, Genomik, Deep Learning und Systembiologie

    MPhil in Computational Biology an der University of Cambridge: wissenschaftliche Programmierung, Genomik, Genomsequenzanalyse, Deep Learning, Bildgebung, Populationsgenetik, Biodesign und Systembiologie.

    Schwerpunkte

    • Mehrere Projekte in Python, R und Julia
    • Implementierung von Hidden-Markov-Modellen und Inferenzalgorithmen wie dem Baum-Welch- und dem Viterbi-Algorithmus
    • Einzelzell-RNA-seq-Analyse, ChIP-/ATAC-seq
    • Modelle des überwachten Lernens mit TensorFlow/Keras und PyTorch

    Fächer

    • Wissenschaftliche Programmierung
    • Genomik
    • Genomsequenzanalyse
    • Deep Learning
    • Biologische Bildanalyse
    • Populationsgenetische Analyse
    • Biodesign
    • Systembiologie

    Methoden & Werkzeuge

    • Python
    • R
    • Julia
    • PyTorch
    • TensorFlow/Keras
    • Hidden-Markov-Modelle

  6. Preis

    Nationaler Promotionspreis

    Deutsche Gesellschaft für Hämatologie und Medizinische Onkologie (DGHO)

  7. Vortrag

    Preisverleihung und Vortrag

    Jahrestagung der Deutschen, Österreichischen und Schweizerischen Gesellschaften für Hämatologie und Medizinische Onkologie, Wien

  8. Stipendium

    Stipendium der Studienstiftung für das MPhil in Computational Biology

    Studienstiftung des deutschen Volkes – University of Cambridge, Vereinigtes Königreich

  9. – München, Zürich und Heidelberg

    Klinik

    Praktisches Jahr (PJ)

    Ludwig-Maximilians-Universität München, Universitätsspital Zürich, Universitätsklinikum Heidelberg

    Pädiatrische Onkologie, Gastroenterologie, Nephrologie · traumatologische Intensivstation, Notaufnahme, Herzchirurgie · Hämatologie, Onkologie, Kardiologie

    Einsatzorte

    • Ludwig-Maximilians-Universität MünchenMünchen, DeutschlandPädiatrische Onkologie, Gastroenterologie, Nephrologie
    • Universitätsspital ZürichZürich, SchweizTraumatologische Intensivstation, Notaufnahme, Herzchirurgie
    • Universitätsklinikum HeidelbergHeidelberg, DeutschlandHämatologie, Onkologie, Kardiologie

  10. Preis

    Preis für herausragende Noten in den neurowissenschaftlichen Fächern

    LMU München – Neurochirurgie, Neuroradiologie, Neuropathologie und Neurologie

  11. Preis

    Preis für das beste Poster

    Retreat der Division of Rheumatology, Allergy and Immunology, Massachusetts General Hospital, Harvard Medical School

  12. Forschungsstipendium

    Internationales Fellowship PROSA LMU und Forschungsstipendium

    Deutscher Akademischer Austauschdienst (DAAD) und Studienstiftung des deutschen Volkes – Forschungsprojekt am Massachusetts General Hospital, Harvard Medical School

  13. – Boston, USA

    Forschung

    Research Scholar

    Massachusetts General Hospital, Harvard Medical SchoolCenter for Immunology and Inflammatory Diseases

    Im Rahmen der medizinischen Doktorarbeit

    Migration intratumoraler zytotoxischer T-Zellen und ihre Interaktionen mit myeloischen Zellpopulationen

    Research Scholar am Center for Immunology and Inflammatory Diseases, Massachusetts General Hospital, Harvard Medical School, im Rahmen der medizinischen Doktorarbeit: Migration intratumoraler zytotoxischer T-Zellen und ihre Interaktionen mit myeloischen Zellpopulationen in der Krebsimmunologie.

    Personen

    Arbeitsgruppenleiter und stellvertretender Direktor
    Thorsten Mempel, MD PhD
    Betreuung (Postdoc)
    Mauro Di Pilato, PhD

    Schwerpunkte

    • Durchführung von Einzelzell-RNA-seq-Experimenten an Ex-vivo-Tumoren
    • Multiphotonen-Intravitalmikroskopie, Fluoreszenzmikroskopie
    • Durchflusszytometrie von In-vitro- und Ex-vivo-Zellen
    • Zusammenarbeit mit anderen Arbeitsgruppen, vor allem durch Experimente mit intravitaler Multiphotonen-Mikroskopie

    Methoden & Werkzeuge

    • Einzelzell-RNA-seq-Experimente
    • Multiphotonen-Intravitalmikroskopie
    • Durchflusszytometrie
    • Murine Knochenmarkchimären
    • Imaris
    • MATLAB
    • FlowJo
    • Fiji

  14. Förderung

    Zwei studentische Förderungen für die Doktorarbeit

    LMU München – Sachmittel für das Promotionsprojekt

  15. Stipendium

    Studienstiftung des deutschen Volkes

    Aufnahme als Stipendiat

  16. Programm

    i-Target: Immunotargeting of cancer

    Elitenetzwerk Bayern – internationales wissenschaftliches Programm: Seminare, Journal Clubs, Workshops und Konferenzen

  17. – München, Deutschland

    ForschungSumma cum laude

    Medizinische Doktorarbeit (Dr. med.)

    Ludwig-Maximilians-Universität MünchenAbteilung für Klinische Pharmakologie, Medizinische Klinik und Poliklinik IV

    Fortgesetzt am Massachusetts General Hospital, Harvard Medical School (2019 – 21)

    Verbesserung der CAR-T-Zelltherapie solider Tumoren in präklinischen Modellen

    Medizinische Doktorarbeit in der Abteilung für Klinische Pharmakologie der LMU München mit dem Ziel, die CAR-T-Zelltherapie solider Tumoren in präklinischen Modellen zu verbessern.

    Personen

    Direktor
    Prof. Stefan Endres
    Arbeitsgruppenleitung
    Prof. Max Schnurr

    Schwerpunkte

    • Herstellung von CAR-T-Zellen (Ex-vivo-Transduktion von T-Zellen mit CAR-Konstrukten)
    • Quantifizierung der Gen- und Proteinexpression von Ex-vivo-T-Zellen und Zelllinien mittels Immunoblotting, quantitativer Echtzeit-PCR und ELISA
    • Verschiedene Zellkulturassays, z. B. xCELLigence oder CytoTOX, zur In-vitro-Quantifizierung der T-Zell-vermittelten Zytotoxizität
    • Validierung der Wirksamkeit von CAR-T-Zellen in orthotopen murinen Tumormodellen

    Methoden & Werkzeuge

    • Herstellung von CAR-T-Zellen
    • Immunoblotting
    • Quantitative Echtzeit-PCR
    • ELISA
    • xCELLigence
    • Orthotope murine Tumormodelle

  18. Programm

    FöFoLe – Forschungsstipendium und Promotionsprogramm

    LMU München – Forschungsstipendium und Promotionsprogramm (vergleichbar einem MD-PhD)

  19. – München, Deutschland

    Ausbildung

    Studium der Humanmedizin

    Ludwig-Maximilians-Universität München

    Vorklinik in Ulm und Marburg (2013 – 16), klinischer Abschnitt in München (2016 – 21)

    Medizinstudium, begonnen an der Universität Ulm und der Philipps-Universität Marburg und abgeschlossen an der LMU München, mit dem Praktischen Jahr in München, Zürich und Heidelberg.

    Schwerpunkte

    • Abschluss an der LMU München

    Studienverlauf

    • Vorklinik2013 – 2016Universität Ulm, Philipps-Universität Marburg
    • Klinischer Abschnitt2016 – 2021Ludwig-Maximilians-Universität München
    • Praktisches Jahr2021 – 2022Ludwig-Maximilians-Universität München, Universitätsspital Zürich, Universitätsklinikum Heidelberg

    Famulaturen

    • Dana-Farber Cancer Institute, Harvard Medical SchoolBoston, USAMDS/AML-Sprechstunde
    • FAMERP, UniversitätsklinikumSão José do Rio Preto, BrasilienKardiologie, Innere Medizin
    • Spital Graubünden (Lehrspital der Universität Zürich)Samedan, SchweizAllgemeinchirurgie, Traumatologie
    • Lehrkrankenhäuser der Ludwig-Maximilians-Universität MünchenMünchen, DeutschlandNotaufnahme, Intermediate-Care-Station, Gastroenterologie, Neurologie